بعد نفيه، عاد إلى أفسس في آسيا الصغرى، حيث تابع خدمته ورعايته للكنائس، مُقدِّمًا وصيته الأخيرة لتلاميذه: يا أولادي أحبوا بعضكم بعضاً
تحيي الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، ذكرى نياحة القديس يوحنا الإنجيلي. سنة 100م تنيَّح القديس يوحنا الإنجيلي الرسول بن زبدي وأخو القديس يعقوب الكبير..