برغم أن جامع يلبغا اختفى من دمشق بعد أن كان من أعظم المساجد فيها بعد الجامع الأموي ، وكان يقع خارج حدود سور مدينة دمشق القديمة في منطقة تعرف قديماً باسم تحت القلعة وتحديداً في ساحة المرجة حالياً.