وُلد البابا بطرس السادس بمدينة أسيوط لأسرة مسيحية صالحة، وأُطلق عليه اسم مرجان . منذ صغره ظهرت عليه علامات التقوى، فتوجه إلى حياة الرهبنة في دير القديس الأنبا أنطونيوس