شهدت فترة خدمته أحداثًا صعبة، حيث فُرض على المسيحيين ارتداء العمائم السوداء، كما استلم رسالة من بابا روما جريجوري الثالث عشر ورد عليها، وطُلب منه جمع الجزية من الأقباط
كان البابا يوأنس، المعروف بـ ابن أبي سعيد السكري، أحد أبرز الوجوه الكنسية التي واجهت صراعات العرش البطريركي
سنة 515 للشهداء ( 799م ) تنيَّح البابا يوأنس الرابع البطريرك الثامن والأربعون من بطاركة الكرازة المرقسية.
تحيي الكنيسة القبطية الأرثوذكسية برئاسة البابا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية، ذكرى نياحة البابا يوأنس السادس البطريرك الرابع والسبعين من بطاركة الكرازة المرقسية..