وُلد البابا أثناسيوس الثاني في بيئة كنسية، وعُرف قبل بطريركيته كوكيل لكنائس الإسكندرية بحكمته واستقامته وإيمانه
تنيَّح الأب المغبوط الأنبا أثناسيوس الثاني البطريرك الثامن والعشرون من بطاركة الكرازة المرقسية سنة 496 م. وقد كان هذا الأب وكيلاً على كنائس الإسكندرية..