ومن أمر هذه الكنيسة أن والدة بقطر، وكان اسمها مرثا، أعدَّت كل ما يحتاج إليه بناء الكنيسة وركبت السفينة من أنطاكية حتى وصلت إلى الإسكندرية
ودشن البابا تواضروس المذبح الرئيسي على اسم القديس الأنبا توماس السائح والمذبح البحري على الشهيد مار بقطر والمذبح القبلي على اسم القديس البطريرك ساويرس الأنطاكي.