زهد القديس يوحنا بعد ذلك في أمور العالم، وتفرغ لدراسة الأسفار الإلهية، واهتم باقتناء الفضائل المسيحية، ثم عزم على اعتزال العالم. تبعاً لمشورة صديقه المحبوب باسيليوس