ولد القديس يوحنا نحو عام 347 بمدينة أنطاكية لأسرة ميسورة؛ أبوه الضابط ساكوندس وأمه التقية أنثوسا
كان هناك رجل يدعى إيليا، كان إيليا يعيش في قرية صغيرة ويعرفه الجميع بأنه رجل طيب القلب ومحب للخير، لكن لم يعرف أحد قصته الحقيقية أو لماذا ترك بلدته الأصلية وصار يعيش بينهم بعيدًا عن أهله أو قريته.
زهد القديس يوحنا بعد ذلك في أمور العالم، وتفرغ لدراسة الأسفار الإلهية، واهتم باقتناء الفضائل المسيحية، ثم عزم على اعتزال العالم. تبعاً لمشورة صديقه المحبوب باسيليوس