تضم عملية الخرطوم في عضويتها ٤٠ دولة تشمل دول الاتحاد الأوروبي بالإضافة إلى سويسرا والنرويج، ودول القرن الأفريقي وشرق أفريقيا ومفوضية الاتحاد الأوروبي ومفوضية الاتحاد الأفريقي